Tras las recusaciones que se presentaron en su día contra los magistrados de la Sala Civil y Penal designados para enjuiciar la causa por presunta desobediencia, al no disolver a Sozialista Abertzaleak en el Parlamento vasco, se nombró a Pablo Sesma y Juan Carlos Iturri -ambos de la Sala de lo Social del TSJPV-, así como a Javier Murgoitio -de la Sala de lo Contencioso-administrativo- como integrantes del Tribunal que juzgaría el caso. Su resolución fue absolutoria. "Manos Limpias" -única que acusaba, ya que la Fiscalía vasca pidió la absolución- recurrió la sentencia y el Tribunal Supremo decidió revocar la sentencia del alto Tribunal vasco y condenar a los procesados a entre 12 y 18 meses de inhabilitación, al considerarles autores de un delito de desobediencia a la autoridad judicial.
Después de la resolución del Supremo, la Sala Civil y Penal del TSJPV entiende que "es competente" para ejecutar la sentencia y que deben ser los magistrados del TSJPV que, en su día, formaron Sala sentenciadora, los que deben adoptar las decisiones oportunas respecto de la ejecución de la resolución del Supremo.
En concreto, la sentencia impone una pena a Atutxa de inhabilitación especial para ocupar cargo público de un año y seis meses y le impone una multa de 18.000 euros. Kontxi Bilbao y Gorka Knörr han sido condenados a un año de inhabilitación para cargo público y deberán abonar 12.000 euros de multa.